La controindicazione a un vaccino è una condizione che rende sconsigliabile un particolare vaccino per una "aumentata probabilità di una grave reazione avversa".
Le controindicazioni possono essere permanenti, come le allergie a un componente del vaccino, o temporanee, come una malattia febbrile acuta o l'assunzione di particolari farmaci.

La maggior parte delle controindicazioni sono temporanee e la vaccinazione può essere di solito somministrata in un secondo momento.

L'unica controindicazione applicabile a tutti i vaccini è la storia di una reazione allergica grave (anafilassi) dopo una dose precedente di vaccino o di un componente del vaccino. Solo in questo caso il vaccino non può più essere somministrato.

Vi sono anche controindicazioni limitate ai soli vaccini vivi, nei casi di un'importante immunodeficienza, cioè dell’incapacità del sistema immunitario a reagire adeguatamente al vaccino,anche se attenuato. Si tratta di soggetti affetti da immunodeficit congenito o causato da farmaci immunosoppressivi.

Sono condizioni in cui non c'è alcuna vera controindicazione a effettuare la vaccinazione, e sono:

• Malattia acuta di modesta entità come raffreddore o altre infezioni respiratorie non febbrili;
• Pregressa reazione locale lieve/moderata;
• Febbre in seguito a una vaccinazione precedente;
• Terapia antibiotica in corso;
• Esposizione a malattie o stato di convalescenza;
• Gravidanza (eccetto per i vaccini vivi che vanno evitati);
• Condizioni di immunodepressione in famiglia;
• Nascita prematura;
• Allattamento al seno;
• Altre allergie verso prodotti non contenuti nel vaccino (uovo, proteine del latte, dermatofagoide…).

Le precauzioni non sono controindicazioni, ma condizioni in cui è necessaria una particolare attenzione da riservare a pazienti con:

• Condizioni che possono aumentare la probabilità o la gravità di una reazione avversa;
• Condizioni che possono compromettere la capacità del vaccino di suscitare una immunità protettiva (es deficit parziali della risposta immunitaria con necessità di più dosi di vaccino).

In questi casi sarà necessario considerare se i benefici del vaccino superano i potenziali rischi. Le precauzioni indicate nell'etichettatura del prodotto possono, a volte, essere utilizzate in modo inappropriato, interpretandole come controindicazioni assolute, con il risultato di perdere l'opportunità di vaccinare.