L'unica sede ambulatoriale è ubicata al Padiglione Giovanni Paolo II, piano meno 1, sede Gianicolo. Afferiscono all'ambulatorio dell'Unità di Fibrosi Cistica oltre ai pazienti già diagnosticati e in follow-up cronico, pazienti fuori regione e casi con sospetto di malattia genetica.

Ad ogni accesso la stanza viene pulita prima dell'arrivo di un altro paziente.

Quando necessario per il paziente, il controllo ambulatoriale può essere implementato dall'esecuzione anche di accertamenti diagnostici ematochimici, radiologici e microbiologici, utili a indirizzare il modello di risposta terapeutica. I test di funzionalità respiratoria, come la spirometria (medicina sportiva) e l'LCI (Lung Clearance Index) si effettuano per valutare lo stato di funzionalità polmonare. In casi selezionati si possono effettuare procedure chirurgiche minori o testare la tollerabilità della terapia antibiotica endovenosa prima della domiciliarizzazione. Nel miglioramento continuo della Qualità assistenziale, l'Unità Operativa di Fibrosi Cistica ha applicato e implementato metodologie standardizzate a livello internazionale (test del sudore, LCI, esame colturale dell'espettorato), procedura indispensabile per la valutazione dei test.