La Direzione scientifica dell'Ospedale Pediatrico Bambino Gesù, classificato Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico, promuove e coordina la ricerca clinica e sperimentale, attività qualificante di un Istituto di ricerca.

Sotto la guida del Direttore scientifico, e con il supporto delle Funzioni e dei Servizi a riporto, predispone le linee strategiche e programmatiche dell’attività scientifica, organizzandone risorse e identificando progetti con particolare attenzione agli aspetti traslazionali e all’innovazione. Persegue questi obiettivi occupandosi del trasferimento delle conoscenze dal laboratorio al letto del paziente, favorendo lo scambio continuo di informazioni tra il lavoro di ricerca e l’assistenza clinica e puntando sulla interdisciplinarietà delle Aree e delle Unità di ricerca.

Le Aree di Ricerca sono articolazioni organizzative costituite dall'aggregazione funzionale di più strutture di ricerca, cliniche e gestionali, che a loro volta si suddividono in Unità di Ricerca, identificate con l'obiettivo di realizzare uno o più progetti e perseguire specifici obiettivi di rilevanza scientifica, con una ricaduta clinico-assistenziale.

La Direzione Scientifica progetta e realizza l'attività scientifica e svolge per la ricerca il ruolo di supporto amministrativo, tecnico ed economico.

La Direzione scientifica si occupa inoltre di monitorare la produttività, di gestire i budget di ricerca corrente e finalizzata, di fornire sostegno ai ricercatori nel reperimento dei finanziamenti pubblici e privati e di sottoporre le iniziative di ricerca al parere del Comitato Tecnico Scientifico, un organo consultivo di supporto che si compone dei direttori dell'Ospedale, dei responsabili delle Aree di Ricerca e dei responsabili delle relative Unità di Ricerca.

La Direzione scientifica del Bambino Gesù è responsabile inoltre delle relazioni con gli stakeholders e con gli organi istituzionali e sviluppa reti di collaborazione nazionali e internazionali con altri Enti e Istituti di ricerca.