Sono disponibili due tipi di vaccini contro l'agente infettivo che causa la pertosse:

1) Vaccini acellulari costituiti da alcune componenti batteriche purificate e inattivate. Il vaccino è generalmente combinato con il vaccino contro la difterite e il tetano ed è contenuto nel vaccino quadrivalente (vaccino contro tetano, difterite, pertosse e poliomielite) e nel vaccino esavalente (contro tetano, difterite, pertosse e poliomielite, epatite B ed Haemophilus influenzae di tipo B).
La formulazione per bambini (indicata con la lettera "P") è utilizzata fino a 7 anni di età. Per i richiami da effettuare oltre i 7 anni di vita viene utilizzata una formulazione per adulti (indicata con la lettera "p") che contiene una concentrazione minore delle componenti del vaccino.

2) Viene utilizzato anche un vaccino a cellule intere, costituito da batteri interi inattivati dal calore. Questo vaccino non è più in uso in Italia da diversi anni.

Il vaccino si somministra con un'iniezione intramuscolare.

Il Ministero della Salute raccomanda la vaccinazione a tutti i bambini a partire dal compimento dell'ottava settimana di vita.
Nel primo anno di vita viene somministrato un ciclo di tre dosi di vaccino associato ai vaccini contro difterite, poliomielite, epatite B, pertosse ed Haemophilus influenzae di tipo b (vaccino esavalente).
Poiché la protezione conferita dalla vaccinazione diminuisce nel tempo, a 5-6 anni di vita è prevista una dose di richiamo del vaccino in associazione con i vaccini contro la difterite, la pertosse e la poliomielite (vaccino quadrivalente) e una ulteriore dose tra gli 11 e i 18 anni insieme a difterite e tetano.
E' anche raccomandata una dose di Tdap a tutte le donne in gravidanza, preferibilmente tra la 27a e 36a settimana per trasferire anticorpi protettivi al bambino anche prima che venga iniziata la vaccinazione.

L'unica controindicazione alla vaccinazione è la manifestazione di reazione allergica grave ad una precedente dose o agli eccipienti contenuti nel vaccino e in caso di malattie neurologiche progressive o non definite fino a stabilizzazione della malattia o raggiungimento della diagnosi. In caso di convulsioni, collasso, pianto inconsolabile per più di 3 ore e febbre superiore ai 40°C in seguito ad una precedente dose di vaccino, il proprio pediatra valuterà la opportunità di proseguire o meno con le dosi successive. 

Vaccino DTaP
Un bambino su 4 può presentare eventi avversi locali (comparsa di gonfiore, rossore e dolore nel punto di iniezione) e febbre. Nel 30% dei casi circa si possono manifestare altri sintomi generali come irritabilità e nel 10% dei casi sonnolenza e perdita dell'appetito. Sono rare, invece, reazioni come il pianto inconsolabile che duri per più di tre ore (1 bambino su 1000) e febbre superiore ai 40.5 (1 bambino su 16.000). Sono estremamente rare le reazioni di tipo allergico e le convulsioni. Questi effetti collaterali si risolvono comunque senza conseguenze.

Vaccino DTaP
Negli adolescenti e negli adulti la percezione del dolore nel punto di iniezione è frequente. Si può presentare anche rossore o gonfiore; il 25% degli adolescenti e il 10% degli adulti può presentare dolori addominali, nausea, vomito o diarrea. Nel 4-10% dei casi si può manifestare febbre.

Dopo il completamento del ciclo vaccinale, il vaccino è altamente efficace (85%) nel prevenire l'infezione.