Il Reparto di degenza accoglie bambini che non possono essere seguiti in ambulatorio e che devono effettuare in terapie regime di Ricovero ordinario. Il ricovero può avvenire nel reparto di Chirurgia toracica (nella sede del gianicolo) o nel reparto di Chirurgia Multidisciplinare I (presso la sede di Palidoro). Se i trattamenti devono essere eseguiti su bambini e ragazzi già ricoverati presso altri reparti, la degenza proseguirà nei reparti in cui si trovano.