Nell'ambito dell'organizzazione multidisciplinare e interdipartimentale adottata dai programmi di trapianto di organi addominali, la degenza dei pazienti in studio per trapianto ed in lista di attesa avviene, in base alla tipologia di trapianto e alla malattia di base, presso i reparti di Epato-Gastroenterologia, Malattie Metaboliche, Nefrologia, Chirurgia Epato-Bilio Pancreatica, Fibrosi Cistica. Durante il ricovero i pazienti vengono sottoposti agli accertamenti necessari per confermare l'indicazione al trapianto e propedeutici all'inserimento in lista di attesa, oltre a ciò che è necessario per la cura della malattia di base. In questa fase il paziente e/o i familiari vengono guidati, da personale specializzato, in un percorso conoscitivo finalizzato all'acquisizione di un consenso informato al trapianto.

La degenza immediatamente successiva al trapianto avviene presso il reparto di Rianimazione; il paziente viene poi trasferito presso il reparto di Epato-Gastroenterologia o di Nefrologia, dove trascorre il periodo post-operatorio. Durante tutta la degenza, la gestione clinica multidiscipinare, che coinvolge diversi specialisti, è guidata da chirurgo ed epatogastroenterologo o nefrologo ed ha come obiettivo la verifica della ripresa funzionale dell'organo trapiantato, l'impostazione delle terapie post-trapianto, l'impostazione degli eventuali trattamenti nutrizionali e riabilitativi. Un team medico-infermieristico dedicato si occupa del training del paziente e/o dei familiari per garantire l'autonomia gestionale dopo la dimissione.

Il paziente trapiantato viene ricoverato, presso il reparto di Epato-Gastroenterologia o di Nefrologia, in caso di controlli clinici post-trapianto routinari, che richiedono prestazioni non erogabili in regime ambulatoriale o di day hospital o nel caso di sviluppo di complicanze. 

I reparti sono dotati di camere singole o doppie, con aree di filtro e di isolamento, utilizzate in base alle specifiche esigenze dettate delle condizioni cliniche del paziente.

La degenza del donatore vivente di fegato o di rene avviene presso il reparto di Chirurgia Epatobiliopancreatica in stanza singola, dove il paziente viene gestito da personale sanitario con specifiche competenze sul paziente adulto.

La programmazione dei ricoveri viene effettuata dal Coordinamento Trapianti.