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L'acetilcisteina è utilizzata principalmente nel trattamento di malattie delle vie respiratorie che comportano una sovrapproduzione di muco, come le broncopneumopatie acute e croniche, le bronchiectasie e le atelettasie.

È il trattamento standard per l'avvelenamento acuto da paracetamolo.

L'acetilcisteina può essere assunta in varie forme: per bocca, di solito in forma di granulato da sciogliere in acqua o in compresse effervescenti, o per via rettale, oppure sotto forma di soluzione da inalare tramite aerosol o di soluzione da somministrare per via endotracheale.

Non sono disponibili dati sull'uso dell'acetilcisteina durante l’allattamento.

Quando viene somministrata per via aerosolica viene assorbita in minima parte e, in questi casi, la quantità presente nel latte è presumibilmente molto bassa.

Inoltre, quando l'acetilcisteina viene ingerita dal bambino tramite il latte materno, viene scarsamente e lentamente assorbita, tranne che nel caso in cui il neonato sia pretermine o nell'immediato periodo neonatale, condizioni in cui può esserci un aumento della permeabilità intestinale.

L'assunzione di acetilcisteina non è motivo di interruzione dell’allattamento, in quanto associata ad un rischio molto basso per il bambino.

Da alcuni autori è considerata uno dei mucolitici di scelta durante l'allattamento.

Se, per qualsiasi ragione, si volesse evitare l'esposizione del neonato al farmaco presente nel latte, le madri possono estrarre ed eliminare il proprio latte per 30 ore dopo la sua assunzione.

In alternativa si può utilizzare l’Ambroxol.