Tra i principali esami che possono essere richiesti per verificare la “salute intestinale” vi sono gli esami che vanno approfondiscono l’eventuale stato infiammatorio intestinale, verificano la permeabilità intestinale, le attività biochimiche delle popolazioni microbiche in eccesso, valutano lo stato infettivologico, caratterizzando anche i patogeni batterici, virali e parassitari in grado di aggredire il distretto intestinale.

Recentemente, le moderne tecnologie di sequenziamento genico definite di next generation sequencing (NGS) hanno permesso di descrivere le comunità microbiche batteriche intestinali con grande dovizia di particolari e, soprattutto, hanno permesso di spostare l’attenzione dalla caratterizzazione dei soli microorganismi patogeni all’insieme dei componenti della flora microbica, ponendo l’attenzione sui componenti commensali della stessa.

Questo nuovo pensiero scientifico, che sta superando perfino i Postulati di Robert Koch, enunciati nel 1883 per cui ebbe il premio Nobel per la Medicina, è stato possibile grazie alle intuizioni di Elie Metchnikoff (Premio Nobel per la fisiologia nel 1908), che per la prima volta nel lavoro “Il prolungamento della vita” (1907), definì l’importanza dei batteri abitanti l’intestino umano.

Da allora, il pensiero microbiologico è profondamente cambiato tanto che il lavoro The Inside Story, (pubblicato sulla rivista ‘Nature’ nel 2008) ha definitivamente cambiato la storia della medicina aprendo le porte al concetto di microbiota intestinale come comunità polimicrobica.

Da quel momento gli avanzamenti tecnologici e scientifici e i modelli sviluppati da altre discipline, come la chimica e la genetica umana, hanno reso possibile l’analisi di una quantità enorme di informazioni (big data) associati a milioni di sequenze di DNA microbico, ma anche lo studio della variabilità genotipica delle loro caratteristiche, associate a individui e a popolazioni.

Si stima, infatti, che ogni persona abbia un contenuto in DNA microbico (appartenente ai microbi) che supera di 100 volte il contenuto genico umano, con una quantità di microbi per grammo di feci pari a 1014 microbi nel tratto colico (circa 100 milioni di milioni!).

La caratterizzazione di queste popolazioni che formano il microbiota intestinale rende pertanto necessario l'utilizzo di piattaforme tecnologiche in grado di analizzarne la complessità:

• Sequenziatori di NGS, utili per descriverne i genomi batterici;
• Spettrometri di massa, apparecchiature per descrivere l'intero serbatoio di metaboliti (residui) e proteine prodotti dalla grande moltitudine delle popolazioni microbiche. Si parla pertanto di microbiomi, metabolomi, metaproteomi analizzati mediante metodi sperimentali e biocomputazionali, descritti come metagenomica, metabonomica-metabolomica e metaproteomica.

Attualmente, le analisi del microbiota mediante NGS si stanno arricchendo della caratterizzazione cosiddetta shotgun delle comunità microbiche, grazie alla quale è possibile non solo descrivere l’ecologia delle comunità microbiche, ‘chi abita le comunità’, ma anche caratterizzarne l’intero patrimonio genetico e quindi ‘chi fa che cosa’.

Attualmente è possibile caratterizzare in shotgun non solo i batteri (batterioma), ma anche le popolazioni fungine (micoma) e virali (virali) che albergano il microbiota intestinale. Allo studio è anche la caratterizzazione del parassitoma, cioè l’insieme di protozoi ed elminti che danno nel loro insieme forma al cosiddetto macrobiota, la cui caratterizzazione deve anche comprendere protozoi e metazoi di interesse clinico.

Accanto a questi esami di ultima generazione, altre molecole che caratterizzano lo status ecologico, funzionale e infettivologico del microbiota e macrobiota intestinale sono: la calprotectina, la lattoferrina, la citrullina, il mannitolo/lattulosio, la zonulina, la occludina, lo scatolo, l’indicano, i metaboliti fecali e il sangue occulto.

A questi esami, vanno aggiunti, quando necessario, i consueti esami colturali sulle feci, il parassitologico, lo scotch test, l’esame chimico fisico per completare l’indagine sia su commensali che su patogeni intestinali.

Recentemente, in relazione a una particolare indicazione clinica, è possibile modulare il microbiota intestinale fino a una sua sostituzione, per riportare una condizione di disbiosi intestinale grave a una condizione di equilibrio o eubiosi intestinale. In questi rari casi si potrebbe eseguire un trapianto di feci (Faecal Microbiota Transplantation - FMT), che nelle patologie pediatriche è ancora solo a carattere sperimentale.