Le prestazioni dell'Unità Operativa di Neurochirurgia Funzionale si svolgono in regime di ricovero ordinario, presso l'Unità Operativa di Neurochirurgia e in regime di Day Hospital per i controlli post operatori, su indicazione degli specialisti dell'Ospedale. Alle prestazioni ambulatoriali, dedicate alla preparazione dell'intervento chirurgico, si accede con impegnativa del Sistema Sanitario Nazionale, tramite Centro Unico Prenotazioni (CUP).

L'Unità Operativa di Neurochirurgia Funzionale è un centro di riferimento nazionale e internazionale per lo svolgimento di tutte le procedure ad alta specializzazione e complessità attualmente disponibili per il trattamento di specifici disturbi, in particolare l'epilessia e i disordini del movimento.

Nell'ambito della chirurgia dell'epilessia, vengono trattate le forme di epilessia farmacoresistente su base lesionale e non, per bambini e ragazzi nei quali, attraverso uno specifico studio prechirurgico multidisciplinare, si riesca a dimostrare l'esistenza di una regione cerebrale responsabile della genesi delle crisi epilettiche, detta zona epilettogena. 

Nei casi in cui lo studio elettroencefalografico di superficie non sia sufficiente alla definizione della zona epilettogena, è possibile eseguire uno studio più avanzato, attraverso l'impianto per via stereotassica di elettrodi di registrazione cerebrale profonda, mediante l'uso di un sistema robotico di ultima generazione. Tale metodica permette, inoltre, di eseguire procedure termo-coagulative attraverso gli stessi elettrodi impiantati a livello delle aree ritenute più significative dal punto di vista epilettogeno. Le procedure chirurgiche comprendono resezioni di lesioni tumorali (neoplasie epilettogene) o malformative (displasie corticali focali) ad estensione intralobare o multilobare. 

Qualora la patologia abbia una localizzazione profonda, come l'amartoma ipotalamico, o un'estensione maggiore, fino al coinvolgimento di tutto l'emisfero, si possono considerare approcci disconnettivi (disconnessioni per via endoscopica, disconnessioni lobari, multilobari, emisferiche), con lo scopo di isolare le aree patologiche dal resto del tessuto cerebrale, bloccando così la propagazione della crisi epilettica.

In alcuni casi non candidabili a procedure chirurgiche standard, si può considerare un trattamento palliativo, mediante l'applicazione di uno stimolatore vagale, spesso efficace nel ridurre la frequenza delle crisi e nel migliorare gli aspetti neurocognitivi e comportamentali. Per bambini e ragazzi affetti da disturbi del movimento, in particolare distonie di origine genetica o acquisita, possono essere indicate procedure lesionali, come la pallidotomia o la procedura di neuromodulazione, mediante l'impianto di elettrodi di stimolazione profonda, a livello di una specifica area cerebrale, il globo pallido interno.