Lorenza Putignani
L’Unità Operativa Semplice di Microbiomica è il laboratorio che si occupa della parte diagnostica delle principali patologie parassitarie.
E' organizzato in linee analitiche per analisi dirette (microscopia qualitativa e quantitativa), indirette (sierologia), di biologia molecolare, colturali e di Next Generation Sequencing (NGS, metagenomica targeted e di shot-gun, whole genome sequencing) per la caratterizzazione di:
- endoparassiti
- comunità microbiche complesse, incluse batterioma, micoma, viroma e parassitoma
In particolare, l'Unità di Microbiomica si occupa dei seguenti esami:
- Microbiota intestinale, vaginale, urinario e delle vie aeree
- Parassiti a trasmissione zoonotica e antroponotica: Cyclospora cayetanensis, Dientamoeba fragilis, Cryptosporidium parvum e Cryptosporidium hominis, Blastocystis hominis, Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Anisakis spp., Strongyloides stercoralis, Schistosoma spp.
- Scotch test
- Ricerca microscopica di microfilarie ematiche
- Malaria, in urgenza e routine, con identificazione in microscopia, indice di parassitemia, PCR, antigenemia di Plasmodium spp. a livello di specie
- Leishmaniosi in microscopia e PCR real-time di Leishmania spp. (cutanea e viscerale)
- Toxoplasmosi in PCR real-time di Toxoplasma gondii
- Borrelliosi, rickettsiosi, ehrlichiosi in microscopia e PCR real-time
Le matrici biologiche principalmente analizzate sono:
- Aspirati tissutali: midollo, lavaggio bronco-alveolare, aspirato bronchiale
- Biopsie: cute, linfonodi, espettorato, liquor, tamponi vaginali, uretrali
- Sangue periferico e siero
- Feci e tamponi rettali
- Urine
Le attività cliniche sono svolte in collaborazione con l'Unità di ricerca di Microbiota.
Piazza Sant'Onofrio, 4 - Roma
Padiglione Gerini/Spellman – Piano -1
San Paolo
Viale di San Paolo, 15 - Roma
Laboratori di Ricerca
Email: parassitologia@opbg.net
Telefono: (+39) 06 6859 7319
lunedì - venerdì: 9.00 - 14.00
Per fare i prelievi non è necessario prenotare. Serve la prescrizione del Servizio Sanitario Nazionale (SSN) per "analisi microbiota feci" (può essere elettronica o cartace). I residenti fuori dalla regione Lazio possono avere informazioni su come accedere all’esame in convenzione con il SSN inviando una email a microbiota@opbg.net Si può accedere alla prestazione con la ricetta “bianca” del medico, che permette di fare l’esame con il costo a carico del paziente.
L’elenco degli esami che svolge l’Unità Operativa è consultabile su "Offerta standard" per pazienti esterni.
Anche gli enti esterni possono fare richiesta di esami del Laboratorio di Microbiomica, utilizzando il modulo di richiesta di prestazioni.
Inoltre sono stati collezionati più di 500 campioni da pazienti pediatrici affetti da Covid-19 per lo studio delle comunità microbiche delle vie aeree superiori e inferiori e del distretto intestinale. Tutti questi campioni compongono l’attuale BioBanca dell’Ospedale Bambino Gesù del microbioma umano nodo di riferimento di BBMRI.
L'Unità Operativa trova la sua missione, inoltre, nella diagnosi delle principali patologie infettive/parassitarie correlate all’intensificarsi dei viaggi in aree endemiche, ma oramai pandemiche, all’aumento dei flussi migratori e ai cambiamenti climatici. È importante sottolineare, quindi, che Parassitologia fornisce un servizio concepito come "Medicina Tropicale”, grazie anche alla formazione degli operatori di laboratorio su ciclo, epidemiologia, infettività, diffusione geografica, sintomi clinici e la relazione con lo stato immunologico del paziente.
L'Unità di Microbiomica fornisce un’attività di diagnosi tradizionale, ma altamente innovativa, grazie all’utilizzo di protocolli "a elevata complessità” e di protocolli ad altissima applicazione tecnologica. Sono incluse le attività di Next Generation Sequencing (NGS) targeted, untargeted, di whole genome sequenicing per la caratterizzazione di comunità microbiche complesse (batterioma, viroma, parassitoma) e per la caratterizzazione di patogeni cosiddetti “divergenti”, ossia ancora sconosciuti.
Tutto questo è possibile grazie alla stretta collaborazione con le attività di ricerca condotte nell’Unità di Ricerca di Microbioma Umano. L’attività diagnostica di Microbiotica è supportata, infatti, da una costante attività di ricerca traslazionale avanzata e di sviluppo di metodologie, per il continuo miglioramento delle linee diagnostico-assistenziali. Il laboratorio è dotato di camera a pressione positiva per la preparazione di emulsione fecali da utilizzarsi nel trapianto fecale, prima esperienza pediatrica in Italia.
Il laboratorio, grazie alle prestazioni diagnostico-assistenziale di alta qualità e all’importante produzione scientifica nel settore, è Centro di Riferimento per la caratterizzazione di protozoi (ad esempio Cryptosporidium spp) e per l’analisi di microbiota umano, essendo il primo laboratorio italiano ad aver sviluppato un brevetto per la determinazione dell’indice di disbiosi intestinale sulla base del quale è stato disegnato il referto diagnostico del profilo di microbiota intestinale (Metagenomic method for in vitro diagnosis of gut dysbiosis, ITUA20164448).