In una piccola percentuale di casi il bambino vaccinato può avere la febbre. Nella maggior parte delle vaccinazioni questa condizione si osserva in genere 1-2 volte ogni 10 bambini vaccinati e può essere facilmente spiegata dal meccanismo di azione del vaccino stesso.

La somministrazione delle vaccinazioni produce, in modo molto simile all'infezione naturale, una stimolazione specifica del sistema immunitario, ma senza che si sviluppi la malattia. Come nel caso della malattia naturale, il sistema immunitario attiva una serie di reazioni, una delle quali è proprio la febbre. Quest'ultima può insorgere in tempi diversi a seconda del tipo di vaccino.

Per i vaccini inattivati come l'esavalente, la febbre si presenta entro un breve periodo, in genere 24 ore, e ha una durata che può essere al massimo di un paio di giorni. La rapida reazione dipende dal fatto che i vaccini inattivati contengono componenti (i cosiddetti antigeni) già pronti per stimolare il sistema immunitario.

Per i vaccini vivi attenuati l'eventuale reazione febbrile dipende dal vaccino stesso. Ad esempio, per il vaccino morbillo-parotite-rosolia, questa si può manifestare da 5 a 12 giorni dopo la vaccinazione e anche in questo caso la durata è breve, nell'ordine delle 48 ore.
Nel caso dei vaccini vivi attenuati, il meccanismo d'azione dipende dalla replicazione del microrganismo (incubazione) ed è per questo che la reazione febbrile è più tardiva.

In tutti i casi, è raro che la febbre dopo la vaccinazione sia elevata, cioè oltre i 39,5 °C. Conoscere questa evenienza e il periodo di tempo entro il quale si può manifestare è utile, per evitare di interpretare la febbre come il segno di una malattia.

Quando questa si protrae oltre l'atteso, è bene consultare il pediatra per valutare eventuali altre cause.
In caso di rialzo febbrile accompagnato a malessere, o di temperatura medio/alta (oltre 38°C), è utile la somministrazione di un antifebbrile, preferibilmente il paracetamolo.

Se il bambino soffre di convulsioni febbrili, prima di sottoporre il bambino a un vaccino è bene informare il medico vaccinatore di tale condizione. Infatti anche la febbre dopo il vaccino può portare a una crisi.

Il medico vaccinatore saprà personalizzare il piano vaccinale e indicare il modo e le tempistiche di intervento in caso di convulsione. Le convulsioni febbrili dopo un vaccino sono un evento raro e inoltre non hanno alcuna conseguenza sulla salute o sulla crescita dei bambini.