Le autorità sanitarie nazionali e internazionali competenti per la profilassi sanitaria e la protezione della salute stabiliscono le raccomandazioni sui vaccini (in Italia la Direzione Generale della Prevenzione sanitaria del Ministero della Salute, l'Istituto Superiore di Sanità e le varie Società scientifiche che si occupano di prevenzione sanitaria).

La vaccinazione contro una malattia è raccomandata solo se il suo beneficio supera di gran lunga il rischio di provocare effetti negativi. La decisione si basa su un quadro analitico che considera anche i diversi tipi di vaccino prodotti e commercializzati contro una stessa malattia, oltre che la pericolosità della malattia stessa.

La Direzione Generale della Prevenzione sanitaria, coadiuvata dall'Istituto Superiore di Sanità e dalle varie Società scientifiche che si occupano di prevenzione sanitaria, elabora quindi le raccomandazioni sull'uso di un vaccino piuttosto che di un altro, sulle loro associazioni e co-somministrazioni a seconda delle caratteristiche dei vaccini e della popolazione.

La Direzione Generale della Prevenzione sanitaria determina a chi (età, fattori di rischio) si raccomanda un vaccino, quante dosi e con quale frequenza deve essere somministrato, quando è necessario un richiamo a seconda del rischio di malattia nel Paese e delle caratteristiche della risposta immunitaria protettiva indotta dal vaccino.

L'Agenzia Italiana per il Farmaco e il Ministero della Salute sono anche responsabili della negoziazione dei costi dei vaccini con i produttori, oltre che della sorveglianza sulle possibili reazioni avverse a questi come a tutti i farmaci.
Le diverse fasi, dallo sviluppo alla commercializzazione di un vaccino, richiedono in media circa 10  anni prima della distribuzione nella popolazione.

Tuttavia in caso di emergenza – come si è fatto nel caso dell'Ebola e per la pandemia da COVID-19 – è possibile accorciare questi tempi. Affinché un potenziale vaccino passi attraversi tutte le varie fasi elencate, che garantiscono sicurezza e efficacia, occorrono comunque almeno dai 12 ai 18 mesi.

I dati scientifici che provengono da tutto il mondo e le osservazioni dei medici, epidemiologi, igienisti e infettivologi sono concordi nel affermare – al di là di ogni dubbio – che le vaccinazioni hanno cambiato, migliorandole, le condizioni di salute delle popolazioni che hanno la fortuna di riceverle e che hanno notevolmente ridotto la mortalità e le malattie sia dei bambini che degli adulti e degli anziani.

Come mangiare cibi sani, fare esercizio fisico e sottoporsi a controlli regolari, i vaccini giocano un ruolo vitale nel mantenere la salute.
Essi costituiscono inoltre uno strumento di protezione fondamentale nei soggetti affetti da malattie croniche e negli anziani. I vaccini sono una delle misure di prevenzione più convenienti e sicure. Per questo motivo sono raccomandate e a volte resi obbligatori.

Tuttavia, la sorveglianza sui possibili effetti negativi di qualsiasi vaccinazione continua a essere portate avanti dall’AIFA con la Rete Nazionale di Farmacovigilanza (RNF) e in tutto il mondo da Agenzie internazionali come l'Organizzazione Mondiale della sanità, i Center for Disease Control, le fondazioni indipendenti come GAVI, Bill & Melinda Gates Foundation e molte altre ancora.

Questo al fine di garantire al massimo la sicurezza di questi farmaci, una sicurezza ancora maggiore di tutte le altre medicine normalmente utilizzate nell’uomo.