Il trapianto di intestino è un intervento chirurgico che prevede la sostituzione dell'intestino malato del paziente con un intestino sano. 

Le indicazioni più frequenti al trapianto di intestino nei bambini sono:

• Intestino corto dovuto ad asportazione chirurgica (68%);
• Disturbi della motilità intestinale (14%);
• Disturbi della funzione di assorbimento della mucosa intestinale, per esempio diarree secretive (10%).

Il trapianto è indicato nei casi in cui, alla malattia di base dell'intestino, si associano complicanze causate dalla malattia stessa o dal suo trattamento, come il malfunzionamento del fegato che può essere causato dalla nutrizione parenterale, l'esaurimento degli accessi vascolari necessari per effettuare la nutrizione parenterale, la comparsa di complicanze metaboliche gravi e di infezioni recidivanti: infezioni del catetere venoso centrale, infezioni batteriche con origine dall'intestino.

Di solito l'organo da trapiantare proviene da un donatore deceduto, molto più raramente da un donatore vivente, al quale viene prelevata una porzione di intestino.

L'assegnazione degli organi da donatore deceduto è gestita in Italia dal Centro Nazionale Trapianti e dalle Regioni, sulla base della lista d'attesa nazionale stilata in base alla gravità del paziente.

Come per il trapianto di fegato, l'utilizzo di una parte dell'intestino di un donatore vivente è una procedura alternativa al trapianto da donatore deceduto, anche se è stata fatta solo in pochissimi casi. Per questa ragione, l'indicazione e la gestione del trapianto da donatore vivente devono essere valutati caso per caso.

Una delle indicazioni al trapianto è la comparsa di cirrosi epatica come complicanza della nutrizione parenterale totale. In questo caso, non è sufficiente trapiantare il solo intestino ma è necessario il trapianto combinato dei due organi: fegato e intestino.

Anche per questa procedura, gli organi possono essere donati da un donatore deceduto o da un donatore vivente, a cui viene prelevata una piccola parte di fegato e un tratto di intestino.

In base ai motivi per cui si procede al trapianto e alle caratteristiche del paziente è possibile effettuare il trapianto del fegato e dell'intestino soltanto, oppure anche dello stomaco e del pancreas: in questo caso si parla di trapianto multiviscerale.

Il trapianto di intestino presenta rischi di rigetto e di infezioni maggiori rispetto a quelli di altri organi. Attualmente, a livello mondiale, i pazienti che superano il trapianto e vivono senza più bisogno di nutrizione artificiale sono tra il 50% e il 60%.

Ciononostante, quando c'è indicazione al trapianto, questo rappresenta ad oggi la più concreta possibilità di curare il bambino in modo efficace.
Le sfide su cui ci si concentrerà nei prossimi anni in questo campo saranno:

• Migliorare la terapia immunosoppressiva;
• Elaborare terapie innovative che permettano di indurre la tolleranza, cioè fare in modo che l'organismo del ricevente "riconosca" come proprio l'organo trapiantato e non lo rigetti;
• Ottimizzare la nutrizione parenterale con formule che riducano il danno del fegato;
• Utilizzare tecniche chirurgiche alternative che favoriscano l'adattamento dell'intestino del paziente.