Nel corso degli ultimi anni l'Ospedale ha sviluppato un vero e proprio "Sistema Bambino Gesù" che allarga il proprio orizzonte oltre il territorio di Roma e del Lazio, andando a costituirsi come un polo di eccellenza nazionale e internazionale.

La sede storica di Roma, al Gianicolo, si è trasformata nel perno di un nuovo Ospedale policentrico che si estende oltre i confini regionali, andando incontro alla domanda di salute dei piccoli di tutto il Mezzogiorno.

Le sedi regionali di Catanzaro, Potenza e il Centro Cardiologico del Mediterraneo di Taormina hanno l'obiettivo di ridurre i viaggi della speranza, che impegnano non solo i piccoli pazienti, ma anche le loro famiglie in gravosi spostamenti che comportano costi economici e sociali rilevanti. 

Altrettanto importanti sono le missioni internazionali nei paesi in via di sviluppo. Il Bambino Gesù è oggi presente in 12 Paesi, con l'obiettivo di prestare cure e trasferire la propria esperienza nelle regioni più povere del mondo.