La Direzione Sanitaria si occupa di guidare, garantire e coordinare le attività sanitarie dell'Ospedale nel suo complesso. Si articola in aree funzionali e servizi, che si occupano degli aspetti gestionali e organizzativi, e in Dipartimenti, che erogano le diverse prestazioni sanitarie.  

La Direzione Sanitaria è responsabile del governo clinico dell'Ospedale, in termini di qualità, di efficienza operativa e di appropriatezza.  Nello specifico si occupa di: 

• Coordinare e integrare i processi sanitari, igienico-sanitari, tecnici e organizzativi
• Organizzare le risposte alle domande di cura, da un punto di vista assistenziale, tecnico, metodologico e di coordinamento generale
• Verificare l'appropriatezza delle prestazioni medico-chirurgiche erogate, anche in termini di congruità dei percorsi clinico-assistenziali e di corretta gestione delle risorse
• Sorvegliare, prevenire e controllare il rischio infettivo per i bambini, il personale e i visitatori
• Identificare, gestire, contenere e sorvegliare il rischio clinico, anche attraverso la realizzazione di progetti di "buon pratiche" per migliorare la qualità dell'assistenza e della cura
• Gestire i servizi dell'Ospedale, compresi quelli alberghieri
• Vigilare sulla documentazione clinica: dalla compilazione fino ai processi di archiviazione e trasmissione agli utenti
• Coordinare le attività utili agli accreditamenti istituzionali
• Mantenere i rapporti con le Istituzioni e le diverse autorità.

La Direzione Sanitaria è il garante ultimo dell'assistenza sanitaria all'interno dell'Ospedale e del coordinamento del personale sanitario che lavora nella struttura. La centralità dei bambini e delle famiglie guida tutte le attività.