Le sperimentazioni svolte presso l'Ospedale hanno la loro sede naturale nel Clinical Trial Center, una struttura creata per garantire eccellenza e qualità assistenziale attraverso sperimentazioni farmacologiche avanzate.

La missione del Centro è promuovere l'eccellenza della sperimentazione clinica in pediatria, in accordo con le Good Clinical Practices, per fornire ai pediatri gli strumenti necessari alla conduzione di una ricerca di elevata qualità.